由于《国家赔偿法》的制定和实施早于《刑事诉讼法》的修订，对存疑案件是否应当给予赔偿，《国家赔偿法》没有具体的规定。最高检察院和最高法院对此认识也不统一，有关司法解释相互冲突，在司法实践中造成了相当程度的混乱。在这个问题上有肯定说、否定说和折中说三种观点。

    其实，刑事存疑案件应否赔偿问题，实质是《国家赔偿法》的归责原则问题，如果《国家赔偿法》将结果责任原则作为违法责任原则的补充纳入到归责原则的规定当中，那么只要是撤消案件或不起诉的案件都应得到赔偿。

    在刑事诉讼中，应当注重保障人权与打击犯罪两大目的的平衡。就我国的刑事司法现状来看，更加应当强调对人权的保障。在决定是否适用刑事强制措施时，不能以牺牲犯罪嫌疑人合法权益为代价，来达到惩罚犯罪的目的。从约束侦查机关行为的角度来看，肯定说的观点还有助于增强办案人员的责任心，促使侦查人员依法积极收集证据，提高侦查水平，减少存疑案件发生。