在刑罚与药品监督行政处罚合并适用时，既要注意社会公益的维护，又要保障个人的合法权益。要注意两者既有可以合并适用的一面，又不应忽视两者共同点，当两者剥夺权益性质或指向对象相同时，允许刑罚吸收药品监督行政处罚。

    1.两者合并适用时，应采取刑事优先原则，即优先追究行为人的刑事责任。对构成犯罪的违法行为，药品监督管理部门应及时移交司法机关处理，从而实现刑罚的社会防卫功能，有效打击药品犯罪。

    2.类似罚则不再重复使用。

    （a）当人民法院已处罚金后，药品监督管理部门不宜再处罚款。因为罚款与罚金性质虽然不同，但内容都是责令违法者交纳一定数额的款项，以实现经济制裁。罚金比罚款制裁程度要强，因而行政部门不宜再处罚款。

    （b）当药品监督管理部门已处罚款时，依照《行政处罚法》规定，应折抵相应的罚金。

    3.不同罚则可予并用。

    （a）人民法院已适用有期徒刑、罚金或没收财产的，药品监督管理部门还可责令药品生产、经营企业停产停业整顿或吊销《药品生产企业许可证》、《药品经营企业许可证》。

    （b）法人或其他组织有药品犯罪行为的，人民法院只依法追究直接责任人员刑事责任的，药品监督管理部门可以依法对该法人或组织实施行政处罚，如财产罚（罚款）、能力罚（吊销许可证）等。